以下は、sdr(3.1.「X のセッションで、iiimf-skk を使うようにする」)で設定した場合に、 Xのセッションが始まるときにユーザー権限で実行されるスクリプト (/etc/X11/xinit/xim.d/SKKLE)です。 .xinitrcなどで、 このような感じに環境変数を設定して、 最後に、$IM_EXEC を実行すれば、 iiim-skk が使えるようになるかもしれません。

    NAME="SKKLE/IIIMP"
    IM_EXEC="env LC_ALL=ja_JP.eucJP /usr/lib/im/httx -if skk -lc_basic_locale ja_JP.eucJP -xim htt_xbe"
    XMODIFIERS=@im=htt
    HTT_DISABLE_STATUS_WINDOW=t
    HTT_GENERATES_KANAKEY=t
    HTT_USES_LINUX_XKEYSYM=t
    export XMODIFIERS HTT_DISABLE_STATUS_WINDOW HTT_GENERATES_KANAKEY HTT_USES_LINUX_XKEYSYM
    
    export IM_EXEC
   

設定方法は、4.「基本的な設定」を参考にしてください。