2.4.21-rc1 以降、一部のマシンでは hwclock を実行する際にハングアップする 不具合がみつかっています。以下の設定を行うと回避できます。 本家の kernel の問題なので 正式な 2.4.21 が出るころには直ると思います。

回避方法 /mnt/target/etc/sysconfig/clock に

CLOCKFLAGS="--directisa"

と記述して下さい。